綜合局負責承辦海峽兩岸關系協(xié)會的日常工作。負責并協(xié)調(diào)有關部門與臺灣當局授權的團體和人士進行協(xié)商談判；負責并歸口管理與臺灣海峽交流基金會的聯(lián)系事宜；協(xié)調(diào)指導有關部門和地方處理涉臺突發(fā)事件和兩岸雙向遣返及有關問題；按照《海協(xié)會章程》，開展與島內(nèi)、海外團體和人士的聯(lián)系與合作。管理臺屬及臺胞捐贈工作。